Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Dalam sel inang, virus merupakan parasit obligat dan di luar inangnya menjadi tak berdaya. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipis, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus menyandi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya.
Penelitian mengenai virus dimulai dengan penelitian mengenai penyakit mosaik yang menghambat pertumbuhan tanaman Tembakau dan membuat daun tanaman tersebut memiliki bercak-bercak. Pada tahun 1883, Adolf Mayer, seorang ilmuwan Jerman, menemukan bahwa penyakit tersebut dapat menular ketika tanaman yang ia teliti menjadi sakit setelah disemprot dengan getah tanaman yang sakit. Karena tidak berhasil menemukan mikroba di getah tanaman tersebut, Mayer menyimpulkan bahwa penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri yang lebih kecil dari biasanya dan tidak dapat dilihat dengan mikroskop.
Virus merupakan organisme subselular yang karena ukurannya sangat kecil, hanya dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop elektron. Ukurannya lebih kecil dari pada bakteri sehingga virus tidak dapat disaring dengan penyaring bakteri. Virus terkecil berdiameter hanya 20 nm (lebih kecil daripada ribosom), sedangkan virus terbesar sekalipun sukar dilihat dengan mikroskop cahaya. Asam nukleat genom virus dapat berupa DNA ataupun RNA Bahan genetik kebanyakan virus hewan dan manusia berupa DNA, dan pada virus tumbuhan kebanyakan adalah RNA yang beruntai tunggal.. Genom virus dapat terdiri dari DNA untai ganda, DNA untai tunggal, RNA untai ganda, atau RNA untai tunggal. Selain itu, asam nukleat genom virus dapat berbentuk linear tunggal atau sirkuler. Jumlah gen virus bervariasi dari empat untuk yang terkecil sampai dengan beberapa ratus untuk yang terbesar. Bahan genetik virus diselubungi oleh suatu lapisan pelindung. Protein yang menjadi lapisan pelindung tersebut disebut kapsid. Bergantung pada tipe virusnya, kapsid bisa berbentuk bulat (sferik), heliks, polihedral, atau bentuk yang lebih kompleks dan terdiri atas protein yang disandikan oleh genom virus. Kapsid terbentuk dari banyak subunit protein yang disebut kapsomer.
Virus menyebabkan banyak penyakit pada tanaman dan bertanggung jawab atas kerugian besar dalam produksi tanaman dan kualitas di semua bagian dunia. Tanaman yang terinfeksi dapat menunjukkan berbagai gejala tergantung pada penyakitnya, tetapi sering ada daun menguning (baik dari keseluruhan daun atau dalam pola garis-garis atau bercak), distorsi daun (misalnya daun keriting) dan / atau distorsi pertumbuhan lainnya (misalnya pengerdilan seluruh tanaman, kelainan pada pembentukan bunga atau buah). Infeksi tidak selalu menimbulkan gejala yang terlihat (seperti yang ditunjukkan oleh Carnation laten virus).
Beberapa virus hewan dan manusia dapat menyebar melalui aerosol. Virus memiliki “mesin” untuk memasuki sel-sel hewan secara langsung berfusi dengan membran sel (misalnya pada lapisan hidung atau usus). Sebaliknya, sel-sel tumbuhan memiliki dinding sel yang kuat dan virus tidak bisa menembus mereka tanpa bantuan. Kebanyakan virus tanaman karenanya ditularkan oleh organisme vektor yang memakan tanaman atau (dalam beberapa penyakit) melalui luka yang dibuat, misalnya, selama kegiatan budidaya tanaman (misalnya pemangkasan). Sejumlah kecil virus dapat ditularkan melalui serbuk sari ke biji (misalnya virus mosaik Barley stripe, genus Hordeivirus), sedangkan banyak yang menyebabkan akumulasi infeksi sistemik dalam tanaman yang diperbanyak secara vegetatif. Vektor-vektor utama virus tanaman adalah:
Serangga. merupakan kelompok vektor terbesar dan vektor paling signifikan meliputi:
- Aphid: menularkan virus dari genera yang berbeda, termasuk Potyvirus, Cucumovirus dan Luteovirus. Aphid hijau persik (Myzus persicae) merupakan vektor untuk banyak virus tanaman, termasuk virus Kentang.
- Whiteflies: menularkan virus dari beberapa genera tapi khususnya di genus Begomovirus. Bemisia tabaci, vektor untuk banyak virus termasuk virus daun kuning keriting pada tomat dan infeksi virus kuning pada selada.
- Hopper: menularkan virus dari beberapa genera, termasuk juga famili Rhabdoviridae dan Reoviridae. Misalnya, Micrutalis malleifera, vektor treehopper pada Tomato pseudo-curly top virus.
- Thrips: menularkan virus pada genus Tospovirus. Misalnya Frankinella occidentalis, thrips bunga barat merupakan vektor utama dari Tomato spotted wilt virus.
- Kumbang: menularkan virus dari beberapa genera, termasuk Comovirus dan Sobemovirus.
Nematoda: ini adalah parasit memakan akar, beberapa di antaranya menularkan virus pada genera Nepovirus dan Tobravirus. Misalnya Paratrichodorus pachydermus, vektor Tobacco rattle virus.
Plasmodiophorids: merupakan obligat parasit yang menginfeksi akar secara tradisional, dianggap sebagai jamur tapi sekarang dikenal dengan protista. Mereka menularkan virus dalam genera Benyvirus, Bymovirus, Furovirus, Pecluvirus dan Pomovirus. Misalnya Polymyxa graminis, vektor virus beberapa sereal termasuk Barley yellow mosaic virus, tumbuh dalam sel akar jelai.
Tungau: menularkan virus di genera Rymovirus dan Tritimovirus. Misalnya Aceria tosichella, vektor Wheat streak mosaic virus.
Virus dapat menular dari suatu tanaman ke tanaman lain dengan berbagai cara antara lain secara mekanis, melalui biji, dengan penyambungan atau penempelan dan yang paling umum melalui vektornya yang dapat berupa serangga, nematoda, jamur, bakteri dan tumbuhan tinggi parasitis. Virus yang ditularkan oleh vektor serangga dapat dibedakan menjadi nonpersisten artinya begitu dihisap oleh serangga segera dapat ditularkan ke tanaman lain, tetapi daya infektifnya cepat habis dan yang persisten artinya agar dapat ditularkan ke tanaman lain memerlukan waktu di dalam tubuh serangganya, tetapi kalau sudah ditularkan daya infektifnya lama bahkan ada yang dapat diturunkan ke anak cucunya.
Virus dapat di-inaktifkan dengan berbagai cara, antara lain dengan suhu baik rendah maupun tinggi atau pembekuan serta pemanasan; radiasi dengan sinar X, sinar UV, sinar radioaktif; dengan getaran ultrasonik; dengan penyimpangan; dengan tekanan tinggi; dengan pengenceran; dengan perubahan pH dan bahan atau senyawa yang berasal dari organisme lain.
Virus yang dianggap sebagai suatu ordo dibagi menjadi tiga sub ordo berdasarkan organisme yang diserangnya, yaitu sub ordo Phaginae yang menyerang bakteri, Phytophaginae yang menyerang tumbuhan dan Zoophaginae yang menyerang hewan. Dari sub ordo Phytophaginae ada beberapa genus yang penting misalnya Marmor antara lain M. tabaci yang menyerang tembakau, M. theobromae yang menyerang coklat, M. arachidis yang menyerang kacang tanah; genus Corium misalnya C. solani yang menyerang Solanaceae; genus Nanus misalnya N. sacchari yang menyerang tebu; genus Ruga misalnya R. tabaci yang menyerang tembakau; genus Rimocortium misalnya R. psorosis penyebab penyakit psorosis pada tanaman jeruk.
Teknik yang banyak dan lazim dipakai saat ini adalah teknik PCR. Teknik ini sederhana, praktis dan cepat. Yang penting dalam teknik PCR adalah disain primer untuk amplifikasi DNA, yang memerlukan data sekuen dari genomagent yang bersangkutan dan software seperti yang telah diuraikan di atas. Disinilah Bioinformatika memainkan peranannya. Untuk agent yang mempunyai genom RNA, harus dilakukan reverse transcription (proses sintesa DNA dari RNA) terlebih dahulu dengan menggunakan enzim reverse transcriptase. Teknik PCR ini bersifat kualitatif, oleh sebab itu sejak beberapa tahun yang lalu dikembangkan teknik lain, yaitu Real Time PCR yang bersifat kuantitatif. Dari hasil Real Time PCR ini bisa ditentukan kuantitas suatuagent di dalam tubuh seseorang, sehingga bisa dievaluasi tingkat emergensinya. Pada Real Time PCR ini selain primer diperlukanprobe yang harus didisain sesuai dengan sekuenagent yang Bersangkutan.
Saat ini telah dikembangkan berbagai metode diagnosis virus diantaranya :
1. Metode konvensional seperti histopatologi.
2. PCR dan RT-PCR. Metode diagnosis dengan PCR mungkin merupakan salah satu metode yang paling cepat dan menjanjikan tingkat akurasi yang tinggi dibandingkan metode lain.
Disadur dari www.dpvweb.net/intro/index.php
0 komentar:
Posting Komentar